Sequence Manipulation Suite: SMS

Sequence Manipulation Suite: SMS    網址http://www.bioinformatics.org/sms2/

功能太多了,  進入以後眼花撩亂, 先隨便找個東西試試看好了先試試把DNA sequence reverse& complement

輸入sequence以後點選submit, 就會跑出一個reverse並complement的sequence喔!

再來試試其他的~ 再試試Combine FASTA吧!
他可以把兩條sequence combine在一起喔!!

先點選Combine FASTA吧~   就會看到兩條sequence(藍色標記以及紅色標記的部分), 之後按下submit以後.....

就會看到兩條sequence併在一起囉!

功能強大的NCBI

由於我的project主要與CC2D1A有關連,因此先來看看CC2D1A有些什麼資訊~

來到NCBI, 直接輸入有興趣的gene name: CC2D1A

先來看看human中CC2D1A有哪些information吧!

進入以後把視窗往下拉, 會先看到 gene ontology(=GO) 

繼續往下拉, 會看到CC2D1A的mRNA level 及protein level 的相關事項, 點選NM_017721 (是gene的locus) 會有更多東西喔!

 點選NM_017721以後, CDS當中就會有CC2D1A的DNA sequence, 或是protein sequence等資訊喔~ 對cloning來講真是一大不可或缺的重要資訊啊!!

genetic association database 像是ncbi與wiki的merge版本

Genetic Association Database

website: http://geneticassociationdb.nih.gov/cgi-bin/index.cgi

可以查詢有關於gene的一些資訊, 像是有興趣基因的簡介或是文獻等, 進入後點選simple search進入查詢畫面

進入查詢畫面以後輸入key word: CC2D1A, 

點選左邊的view, 進入下面頁面以後可以看到更多資訊, 可以連結有興趣gene的資料, 像是genecard或是pubmed找尋相關文獻等

另外, 這個也可以編輯喔!  (讓我不禁懷疑功能跟wiki很像, 如此一來資訊的可信度會不會有限?)

從gene 找疾病(或從疾病找基因): DisGeNET

去 http://ibi.imim.es/DisGeNET/web/v02/home 找出 gene 相關的 disease，與 disease 相關的 gene

登入DisGeNET以後, 點選search-->點選gene-->輸入gene名稱

由於我們lab中主要研究的是CC2D1A,所以就先search CC2D1A看看會有什麼東西出現

點選Disease associated to this gene就可以找與gene有關的疾病

進入以後,在disease部分會有關於disease的簡介, 游標移到“+”號處,會看到與該基因有關的疾病有哪些, 像是Nervous system diseases等

把視窗移到右邊, 點選PMIDs就可以尋找與疾病有關的文獻

也可以反過來, 從疾病去尋找gene: 回到DisGeNET的主畫面à選擇disease以後輸入疾病名稱 e.g.輸入剛剛所search到的疾病名稱: Nervous system diseasesà點選geneassociates to this gene就可以尋找與疾病有關的基因

在左邊紅色框框部分就是與疾病有關的gene

the end