利用PyMOL變出protein的structure並美工加工一下, 就是一個漂亮的protein囉!

我想找的protein是RIG-I, 就需先找到RIG-I的ID 找到以後輸入到pdb中並存出pdb.text檔

之後打開PyMOL以後開啟剛剛存好的RIG-I pdb.text file

打開以後對著all選擇"S"-->show cartoon讓rpotein structure顯示為cartoon的圖示, 之後再選擇"H"--> hide line, strick以及water之後就會變成下面這張比較簡潔有力的structure pic囉!

接下來開始做美工囉!  首先可以改變chain 的color e.x. color green, chain A 同樣的指令在設chain B也變成綠色

接下來選擇右下角的S就會show出所有的a.a. 之後我選擇特殊的molecule: Zn把它特別加工: 先點選sequence中所有的Zn, 右邊選項中就會creat出一個新的folder: sele 這個folder可以重新命名: 選擇"A"--> action, rename selection之後重新輸入想要的名字就可以囉!

然後接下來可以針對Zn 做美工, 先讓Zn變成灰色! 選擇"C" color中的 gray就可以了!然後也可以去調Zn的大小就在指令輸入列中輸入: set sphere_scale=0.7, 另外, 若要放大圖的話就按滑鼠右鍵, 之後拖曳就會放大了!  ^^

之後，準備存成影片檔囉!  首先點選orient使structure角度回到正面，

點選scene -->Store --> F1 使PyMOL記憶structure的正面影像，之後在zinc上點一下滑鼠滾輪，畫面中央就會Focus在Zn上，然後store F2。
再來使用滑鼠右鍵zoom in放大Zn，store F3。
點選Movie => Program => Scene Loop => Steady  => 1 sec再來點選Movie => Program => Camera Loop => Y Roll => 4sec
最後存movie檔: save movie as--> PNG image 點選以後就會開始一張一張存了!

存好一張一張的pic以後再去movie maker去做成電影檔，在匯入pic前先設定時間，讓每張pic之間的間隔不要太久(我設0.1sec左右而已) 不然等他播放完看的人就睡著辣!